コマンドラインから入力出力ファイルを指定。
出力ファイルは毎回デフォルトしてから結果をいれてくれたら便利。
真ん中揃えてswapしてくれたらいいよね。

何をどれくらいの数用いてパラメータもどうするか。
シュードノット構造のあるRNAファミリは何か。
パラメータの設定はどうするのか。
入れ替えてそこそのまま読むの？
RNAの長さがパラメータより短い場合困る。