A partir dos tracts de ancestralidade de uma população, juntamente ao conhecimento do relógio recombinatório (responsável por diminuir os tamanhos dos tracts de ancestralidade ao passar das gerações), Kehdy et al. (2015), aplicou o método de ABC utilizando o algoritmo de Liang-Nielsen (Liang & Nielsen, 2014) como o simulador de parâmetros de fluxos migracionais (mg,i). Ao final, a partir do intervalo HPD (Figura 1), foram capazes de gerar uma estimativa de quais eram os possíveis valores de fluxos migracionais que ocorreram, ajudando a remontar parte de um passado apagado nas populações latino-americanas.
Figura 1: Resultados obtidos Kehdy et al. (2015) a partir do ABC e simulador de Liang-Nielsen. A) Distribuições de comprimentos de segmentos cromossômicos das ancestralidades (CSSA). Os comprimentos de CSSA foram distribuídos em 50 bins por população. Pontos vermelhos, azuis e verdes representam um CSSA europeu, africano e nativo americano, respectivamente. B) Inferências da dinâmica de miscigenação estimadas para três populações brasileiras EPIGEN (Salvador, Bambuí e Pelotas). Inferência das densidades posteriores das proporções de imigrantes (em relação à população miscigenada) de cada origem e mostramos seus intervalos de maior densidade a posteriori (HPD) de 90%. Para cada barra horizontal, temos no eixo x o intervalo que contém o peso do fluxo migracional que ocorreu ao longo das gerações para cada uma das populações
O modelo histórico-demográfico de Kehdy et al. (2015) possui nove parâmetros a estimar: três correspondentes às ancestralidades parentais a cada três pulsos de miscigenação que ocorreram em momentos diferentes. Cada pulso possui três parâmetros que são as proporções de imigrantes (m) para cada população parental: EUR que corresponde à população Europeia, AFR que correspondente à Africana e NAT que corresponde à Nativo Americana (Figura 2)
De forma geral, em nossos códigos definimos quantas populações estarão envolvidas na dinâmica de miscigenação, quais as gerações de fluxo, quantas simulações serão feitas, qual a população fundadora, os valores de ancestralidade populacional da população alvo, o número de indivíduos que existem nessa população real (o mesmo valor da inferência de ancestralidade populacional), qual ou quais cromossomos estamos simulando, valores de recombinação dos cromossomos envolvidos e qual a porcentagem de aceitação de cenários para composição da nossa posteriori.
Calculamos a distribuição de tracts de cada ancestralidade (EUR, NAT e AFR) a partir dos indivíduos dos resultados da ancestralidade cromossômica (via G-nomix) e sumarizamos todas as observações de cada uma das ancestralidade. Utilizamos esse resultado como o dado observado durante o passo do ABC Rejection. Diferentemente de Kehdy et. al. (2015).
Por fim, aplicamos o passo de ABC Rejection e definimos a distância entre os cenários simulado e observado para a criação da priori.