Skip to content

Commit 3210570

Browse files
hansvancalsterhansvancalster
authored
Merge pull request #149 from inbo/sop-040-nl
Sop 040 nl
2 parents 9a1e82f + c967b32 commit 3210570

21 files changed

Lines changed: 663 additions & 0 deletions

‎.zenodo.json‎

Lines changed: 11 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -220,6 +220,17 @@
220220
"email": "florian.vanhecke@inbo.be",
221221
"orcid": "0009-0004-3499-2279",
222222
"affiliation": "Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO)"
223+
},
224+
{
225+
"name": {
226+
"given": "Anouk",
227+
"family": "Ollevier"
228+
},
229+
"type": "Researcher",
230+
"email": "anouk.ollevier@inbo.be",
231+
"orcid": "0000-0003-2758-4723",
232+
"affiliation": "Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO)",
233+
"corresponding": true
223234
}
224235
]
225236
}

‎NEWS.md‎

Lines changed: 7 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,3 +1,10 @@
1+
### First version of protocol: sop-040-nl
2+
3+
- Title: Abundantie- en oppervlaktebepaling van groepsfoto’s met ongewervelden in ImageJ
4+
- Published on: 2026-01-23
5+
- Version number: 2026.01
6+
- Link to this version: [sop-040-nl version 2026.01](2026.01/index.html)
7+
18
### First version of protocol: sfp-408-nl
29

310
- Title: Veldprotocol LSVI stilstaande wateren

‎source/sop/sop_040_nl_imagej_ongewervelden/.zenodo.json‎

Lines changed: 49 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,49 @@
1+
{
2+
"description": "<p>Binnen het Procesbeheerproject [1] worden in elk subplot twee keer per jaar stalen van ongewervelden verzameld: één keer in mei-juni en één keer in augustus-september. In het labo worden de ongewervelden via triage uit het strooisel gescheiden en vervolgens per taxonomische groep gesorteerd. Met dit materiaal worden (a) groepsfoto’s gemaakt, waarop per taxonomische groep het aantal individuen en het oppervlak wordt bepaald in ImageJ (zie hiervoor deze SOP), en (b) de exemplaren gedetermineerd en ingevoerd in waarnemingen.be.<\/p>",
3+
"title": "Abundantie- en oppervlaktebepaling van groepsfoto’s met ongewervelden in ImageJ.",
4+
"upload_type": "publication",
5+
"access_right": "open",
6+
"license": "CC-BY 4.0",
7+
"language": "nld",
8+
"keywords": [
9+
"imagej",
10+
"beeldverwerking"
11+
],
12+
"publisher": "Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO)",
13+
"contributors": [
14+
{
15+
"name": "Ollevier, Anouk",
16+
"affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
17+
"orcid": "0000-0003-2758-4723",
18+
"type": "contactperson"
19+
},
20+
{
21+
"name": "Van Uytvanck, Jan",
22+
"affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
23+
"orcid": "0000-0002-1946-7917",
24+
"type": "other"
25+
},
26+
{
27+
"name": "Boumon, Timon",
28+
"affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
29+
"orcid": "0009-0000-5136-9447",
30+
"type": "other"
31+
},
32+
{
33+
"name": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
34+
"type": "rightsholder"
35+
}
36+
],
37+
"creators": [
38+
{
39+
"name": "Ollevier, Anouk",
40+
"affiliation": "Research Institute for Nature and Forest (INBO)",
41+
"orcid": "0000-0003-2758-4723"
42+
}
43+
],
44+
"communities": [
45+
{
46+
"identifier": "inbo"
47+
}
48+
]
49+
}

‎source/sop/sop_040_nl_imagej_ongewervelden/01_afhankelijkheden.Rmd‎

Lines changed: 49 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,49 @@
1+
# Afhankelijkheden
2+
3+
```{=html}
4+
<!--
5+
Hier niets invullen.
6+
Indien er afhankelijkheden zijn deze invullen in de yaml sectie van `index.Rmd`
7+
-->
8+
```
9+
```{r dependencies}
10+
empty_table <- tibble(
11+
protocol_code = character(),
12+
version_number = character(),
13+
params = character(),
14+
appendix = logical()
15+
) %>%
16+
add_row() %>%
17+
rename(
18+
`Protocolcode` = protocol_code,
19+
`Versienummer` = version_number,
20+
`Opgenomen als subprotocol` = appendix
21+
) %>%
22+
pander::pander(split.tables = Inf)
23+
24+
if (exists("params")) {
25+
if (!is.null(params$dependencies)) {
26+
transpose(params$dependencies) %>%
27+
as_tibble() %>%
28+
mutate(protocol_code = as.character(protocol_code),
29+
version_number = as.character(version_number),
30+
params = as.character(params),
31+
version_number = ifelse(params == "NA",
32+
paste0("[", version_number, "](../",
33+
version_number, "/", "index.html)"),
34+
version_number),
35+
appendix = as.logical(appendix)) %>%
36+
rename(
37+
`Protocolcode` = protocol_code,
38+
`Versienummer` = version_number,
39+
`Opgenomen als subprotocol` = appendix
40+
) %>%
41+
pander::pander(split.tables = Inf)
42+
} else {
43+
empty_table
44+
}
45+
} else {
46+
empty_table
47+
}
48+
rm(empty_table)
49+
```

‎source/sop/sop_040_nl_imagej_ongewervelden/02_onderwerp.Rmd‎

Lines changed: 18 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,18 @@
1+
# Onderwerp
2+
3+
```{=html}
4+
<!--
5+
Doelstelling en toepassingsgebied
6+
Doelstelling: omschrijving in woorden waarvoor het protocol dient.
7+
Voorbeelden wat er met de gegevens kan gedaan worden.
8+
Probeer de doelstelling zo veel mogelijk generiek te beschrijven en vermijd projectspecifieke doelstellingen.
9+
Toepassingsgebied: bespreek hier onder welke condities het protocol kan gebruikt worden.
10+
-->
11+
```
12+
13+
<!-- description: start -->
14+
15+
Binnen het Procesbeheerproject [1] worden in elk subplot twee keer per jaar stalen van ongewervelden verzameld: één keer in mei-juni en één keer in augustus-september.
16+
In het labo worden de ongewervelden via triage uit het strooisel gescheiden en vervolgens per taxonomische groep gesorteerd.
17+
Met dit materiaal worden (a) groepsfoto’s gemaakt, waarop per taxonomische groep het aantal individuen en het oppervlak wordt bepaald in ImageJ (zie hiervoor deze SOP), en (b) de exemplaren gedetermineerd en ingevoerd in waarnemingen.be.
18+
<!-- description: end -->

‎source/sop/sop_040_nl_imagej_ongewervelden/03_definities_afkortingen.Rmd‎

Lines changed: 10 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,10 @@
1+
# Definities en afkortingen
2+
3+
```{=html}
4+
<!--
5+
Definities van begrippen en afkortingen die noodzakelijk zijn om dit document te begrijpen en het protocol op een gepaste manier te kunnen uitvoeren.
6+
-->
7+
```
8+
9+
N.v.t.
10+

‎source/sop/sop_040_nl_imagej_ongewervelden/04_competenties.Rmd‎

Lines changed: 11 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,11 @@
1+
# Vereiste competenties en opleidingen
2+
3+
```{=html}
4+
<!--
5+
Omschrijving van de basiskennis en vaardigheden, die de gebruiker van het protocol moet hebben om het protocol op een gepaste manier te kunnen uitvoeren.
6+
Eventueel kan er verwezen worden naar bepaalde opleidingen.
7+
-->
8+
```
9+
10+
N.v.t.
11+

‎source/sop/sop_040_nl_imagej_ongewervelden/05_proces.Rmd‎

Lines changed: 11 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,11 @@
1+
# Proces
2+
3+
```{=html}
4+
<!-- schematische voorstelling van het proces
5+
gebruik bijvoorbeeld `draw.io` en exporteer als png
6+
of maak het schema met een R package zoals `visNetwork`
7+
-->
8+
```
9+
10+
N.v.t.
11+

‎source/sop/sop_040_nl_imagej_ongewervelden/06_werkwijze.Rmd‎

Lines changed: 93 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,93 @@
1+
# Werkwijze
2+
3+
```{=html}
4+
<!--
5+
Gedetailleerde omschrijving van alle stappen die doorlopen moeten worden om het protocol uit te voeren.
6+
Deze stappen staan schematisch weergegeven in het processchema.
7+
Subtitels gebruiken om elke stap te omschrijven.
8+
-->
9+
```
10+
11+
## Openen van de foto
12+
13+
Open ImageJ [2]
14+
15+
Laad de groepsfoto in via File \> Open
16+
17+
De groepsfoto’s bevinden zich in de map: G:\\ Gedeelde drives\\ Procesbeheer\\ PB11_Plotbemonstering\\ PB_Plot_Invertebraten\\ FOTO_SubPlot_Invertebraten\\ Groepsfoto
18+
19+
## Schaal instellen
20+
21+
Gebruik de Straight line tool en trek een lijn tussen de twee aangeduide referentiepunten.
22+
In het labo werden de punten zo geplaatst dat ze op een afstand van 50 of 150 mm van elkaar liggen.
23+
Als de punten in een vierkant liggen, zijn beide zijden 150 mm lang.
24+
Als ze een balk vormen, dan is de korte zijde 50 mm en de lange zijde 150 mm.
25+
26+
Klik vervolgens op Analyze \> Set Scale.
27+
De waarde in pixels verschijnt automatisch.
28+
Vul bij Known distance 5 of 15 in, afhankelijk van de werkelijke afstand, en noteer bij Unit of length “cm”.
29+
30+
Klik op OK.
31+
32+
## Threshold instellen
33+
34+
Klik op Image \> Adjust \> Color Threshold.
35+
36+
Pas alleen de twee waarden onder Brightness aan: zet de eerste waarde op 0 en kies voor de tweede een waarde tussen 160 en 220.
37+
De bedoeling is dat de organismen duidelijk rood gemarkeerd zijn, zonder dat de achtergrond te sterk meekleurt.
38+
Een paar rode puntjes in de achtergrond zijn geen probleem, want die kunnen later worden uitgefilterd.
39+
40+
## Analyse per taxonomische groep
41+
42+
Groepeer en selecteer de organismen van één bepaalde taxonomische groep via de polygon tool.
43+
Trek een polygon rondom de groep.
44+
45+
Klik op Analyze \> Analyze particles
46+
47+
Om ervoor te zorgen dat de kleine rode spikkels op de achtergrond niet worden mee geanalyseerd stel je Size (cm\^2) in op ‘0.015-Infinity’.
48+
Dit zorgt ervoor dat objecten kleiner dan 0.015 cm² er worden uit gefilterd.
49+
50+
Kies bij Show voor Overlay Masks, zodat de geselecteerde organismen na de analyse zichtbaar en genummerd zijn.
51+
52+
Klik op OK.\
53+
54+
(ref:afbeelding1) Analyze Particles scherm
55+
56+
```{r afbeelding1, fig.cap="(ref:afbeelding1)", out.width="33%"}
57+
knitr::include_graphics(file.path(path_to_protocol, "media/Afbeelding1.png"))
58+
```
59+
60+
Via Analyze Particles worden de objecten – hier dus de organismen – automatisch geteld en gemeten (o.a. oppervlakte) (zie figuur \@ref(fig:afbeelding1)).
61+
De resultaten verschijnen in twee vensters: Results, waarin de metingen per individueel object binnen de polygon worden weergegeven, en Summary, dat een samenvatting toont van alle metingen voor de geselecteerde groep.
62+
63+
## Opslaan van resultaten
64+
65+
Sla zowel het bestand Summary als Results op.
66+
Gebruik daarbij een vaste naamgeving:
67+
68+
*foto-analyse-typeoutput-subplotcode-diergroep-datum(YYYY-MM-DD)*
69+
70+
*Bijvoorbeeld: foto-analyse-summary-dwhp-03c-kevers-2022-06-01*
71+
72+
```{r}
73+
df <- data.frame(
74+
Onderdeel = c("foto-analyse", "typeoutput", "subplotcode", "diergroep", "datum (YYYY-MM-DD)"),
75+
Omschrijving = c(
76+
"Vast voorvoegsel, zodat alle bestanden van dezelfde analyse makkelijk terug te vinden zijn.",
77+
"Geeft aan welk type bestand het is: summary of results.",
78+
"De code die verwijst naar de subplot.",
79+
"De onderzochte diergroep.",
80+
"De datum van staalname (dus niet de datum van de analyse in ImageJ)."
81+
),
82+
Waarde = c("foto-analyse", "summary", "dwhp-03c", "kevers, wantsen, spinnen, ...", "2022-06-01"),
83+
stringsAsFactors = FALSE
84+
)
85+
86+
pander(df, caption = add_label("Overzicht naamgeving"), split.tables = Inf)
87+
88+
```
89+
90+
## Herhalen
91+
92+
Voer stap 4 en 5 opnieuw uit voor elke taxonomische groep die aanwezig is op de groepsfoto.
93+
Zorg ervoor dat alle resultaten op dezelfde manier benoemd en opgeslagen worden.

‎source/sop/sop_040_nl_imagej_ongewervelden/07_veiligheid.Rmd‎

Lines changed: 10 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,10 @@
1+
# Veiligheid
2+
3+
```{=html}
4+
<!--
5+
Alle aandachtspunten in verband met veilig werken.
6+
-->
7+
```
8+
9+
N.v.t.
10+

0 commit comments

Comments
 (0)