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Guia de Instalação - RecOM (Rectangular Ocean Mesh Tools)

Pré-requisitos

1. Anaconda ou Miniconda

Por que Conda?

  • Gerencia dependências científicas complexas
  • Evita conflitos entre pacotes
  • Isola ambientes de projetos diferentes

Download:

Verificar instalação:

conda --version

2. Dados GEBCO (para usar interpolação GEBCO)

Baixe em: https://www.gebco.net/data_and_products/gridded_bathymetry_data/

Coloque o arquivo NetCDF em:

gebco_2025_sub_ice_topo/GEBCO_2025_sub_ice.nc

Instalação

Passo 1: Clonar/Baixar o Repositório

# Se usar git
git clone https://github.com/daniloceano/RecOM.git
cd RecOM

# Ou baixe o ZIP e extraia

Passo 2: Criar Ambiente Conda

# Criar ambiente a partir do arquivo YAML
conda env create -f environment.yml

# Aguarde a instalação (~2-5 minutos)

Passo 3: Ativar Ambiente

conda activate ocean_mesh_tools

Você verá (ocean_mesh_tools) no início do prompt.

Passo 4: Verificar Instalação

# Verificar pacotes instalados
conda list

# Verificar Python
python --version  # Deve mostrar Python 3.10 ou superior

Uso Básico

Sempre ativar o ambiente antes de usar

conda activate ocean_mesh_tools

Executar ferramenta GEBCO

cd tools/gebco_interpolation/scripts
python generate_grid.py

Desativar ambiente quando terminar

conda deactivate

Instalação Manual (Alternativa)

Se preferir instalar manualmente:

1. Criar ambiente conda

conda create -n pom python=3.10 -y
conda activate ocean_mesh_tools

2. Instalar dependências

Via conda-forge (recomendado):

conda install -c conda-forge \
    numpy scipy xarray netcdf4 matplotlib -y

Via pip (alternativa):

pip install numpy scipy xarray netCDF4 matplotlib

3. Verificar instalação

python -c "import numpy, scipy, xarray, netCDF4, matplotlib; print('OK')"

Troubleshooting

Erro: "conda: command not found"

Solução:

  • Reinicie o terminal após instalar conda
  • Ou execute: source ~/.bashrc (Linux) ou source ~/.zshrc (macOS)

Erro ao criar ambiente: "ResolvePackageNotFound"

Solução 1 - Atualizar conda:

conda update -n base conda

Solução 2 - Usar conda-forge:

conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict
conda env create -f environment.yml

Erro: "Solving environment: failed with initial frozen solve"

Solução - Forçar resolução:

conda env create -f environment.yml --force

Ambiente muito lento para resolver dependências

Solução - Usar mamba (conda alternativo mais rápido):

# Instalar mamba
conda install -c conda-forge mamba -y

# Criar ambiente com mamba
mamba env create -f environment.yml

Erro ao importar netCDF4

Solução:

conda activate ocean_mesh_tools
conda install -c conda-forge netcdf4 --force-reinstall

ImportError: "No module named 'bathymetry_generator'"

Causa: Você está rodando o script do diretório errado.

Solução:

# Certifique-se de estar no diretório correto
cd tools/gebco_interpolation/scripts
python generate_grid.py

Dependências

Obrigatórias

Pacote Versão Mínima Função
Python 3.8+ Linguagem base
numpy 1.20+ Computação numérica
scipy 1.7+ Interpolação
xarray 2022.3+ Manipulação de dados NetCDF
netCDF4 1.5+ Leitura de GEBCO
matplotlib 3.5+ Visualização e editor

Opcionais

Pacote Função
cartopy Mapas com projeções (futuro)
jupyter Notebooks interativos (futuro)

Atualizar Ambiente

Atualizar pacotes

conda activate ocean_mesh_tools
conda update --all

Adicionar novo pacote

conda activate ocean_mesh_tools
conda install -c conda-forge nome_do_pacote

Recriar ambiente do zero

# Remover ambiente antigo
conda deactivate
conda env remove -n pom

# Criar novo
conda env create -f environment.yml

Remover Ambiente

Se não precisar mais do projeto:

# Desativar se estiver ativo
conda deactivate

# Remover ambiente
conda env remove -n pom

# Confirmar remoção
conda env list  # "pom" não deve aparecer

Estrutura Após Instalação

ocean-grid-tools/
├── environment.yml          # ✓ Ambiente criado
├── tools/
│   └── gebco_interpolation/ # ✓ Pronto para usar
│       └── scripts/
│           └── generate_grid.py
└── gebco_2025_sub_ice_topo/ # ⚠️ Você deve baixar GEBCO
    └── GEBCO_2025_sub_ice.nc

Próximos Passos

Após a instalação:

  1. Ler documentação rápida: QUICK_REFERENCE.md
  2. Testar ferramenta GEBCO: tools/gebco_interpolation/README.md
  3. Ver exemplos: tools/gebco_interpolation/examples/

Sistemas Operacionais Testados

  • ✅ macOS (Apple Silicon e Intel)
  • ✅ Linux (Ubuntu 20.04+, Debian, Fedora)
  • ✅ Windows 10/11 (via Anaconda Prompt ou WSL)

Requisitos de Hardware

Mínimo

  • CPU: 2 cores
  • RAM: 4 GB
  • Disco: 10 GB livres (incluindo dados GEBCO)

Recomendado

  • CPU: 4+ cores (para processamento paralelo)
  • RAM: 8+ GB
  • Disco: 20 GB livres
  • SSD (para leitura rápida do GEBCO)

Ajuda Adicional

Problema não listado aqui?

  1. Verifique se conda está atualizado: conda update -n base conda
  2. Tente recriar o ambiente do zero
  3. Verifique a documentação do conda: https://docs.conda.io/