Posible problema de la librería encargada de dibujar, comparar con Graphviz.
También he visto cosas raras en la generación de los árboles (árboles con nodos operador que no tiene hijos). El archivo wrongTree.pdf tiene un ejemplo del problema, tiene pinta de ser por el solapamiento de distintas partes del árbol.

Posible problema de la librería encargada de dibujar, comparar con Graphviz.